Según la especificación de XHTML 1.0 (Second Edition), los bloques de JavaScript y estilos contenidos en la página, son tratados como si tuvieran contenido de tipo #PCDATA. Esto implica que todos los carateres que contengan del tipo <y &, se tratarían como elementos de etiquetación, por lo que habría que utilizar las entidades < y &. Para evitar esto existe la posibilidad de meter el contenido del script o style en un bloque CDATA, el cual impediría la expansión de las etiquetas interiores.

<script type="text/javascript">
<![CDATA[
... unescaped script content ...
]]>
</script>

Actualización
Si utilizas esto en un navegador posiblemente obtengas algún tipo de error. Esto se debe a que muchos navegadores no entienden CDATA como debieran. En este post se explica como resolver esta situación.